G-WAS IN PAZIENTI SARDI CON TALASSEMIA MAJOR E INTERMEDIA

Abstract

Il quadro clinico della beta talassemia è molto variabile. Questa variabilità sembra prevalentemente essere legata all’espressione persistente di emoglobina fetale (HbF), anche se altri determinanti genetici possono concorrere al miglioramento globale del quadro clinico. In questo lavoro riportiamo l'analisi eseguita su due gruppi di pazienti sardi omozigoti per la beta zero talassemia (beta0 39) che presentano: una forma grave di anemia trasfusione dipendente (talassemia major 305 pazienti) e una forma lieve di anemia non trasfusione dipendente (talassemia intermedia 37 pazienti), nei quali la differenza nella gravità del quadro clinico è dovuta alla diversa capacità di produzione di HbF. Tutti i pazienti sono stati genotipizzati con la piattaforma Affymetrix 6.0 (906,600 SNPs per ogni individuo). Il call rates medio del genotipo era di 98.7%. I filtri di controllo qualità hanno rimosso 48,542 SNPs (5.3%) con un call rates <95%. Il 6.9% degli SNPs è stato rimosso perchè non ha superato il test di Hardy-Weinberg o perchè presenta una minor allele frequency (MAF) <0.0001. Il call rates per i rimanenti 800,081 SNPs è di 99.5%. L’analisi ha confermato il coinvolgimento del gene BCL11A situato sul 2p16 (min p-value = 2.16E-05 – rs1186868) e della regione intergenica HBS1L-MYB situata sul 6q23 (min p-value = 4.14E-05 – rs4895441), già descritti come responsabili di un aumento di produzione del HbF. Inoltre sono state identificate altre regioni con un p-value significativo a livello genome wide (p< 5.10-7) sui cromosomi 2 e 6, che potrebbero contenere altri determinanti genetici coinvolti nella variazione del quadro clinico della beta talassemia