Penentuan Struktur Tiga Dimensi dan Profil Hasil Hidrolisis Protein Alergen Arginin Kinase Secara in silico

Abstract

Alergi pangan ialah suatu reaksi hipersensitivitas melalui mekanisme imunologis setelah terpapar alergen dari suatu bahan pangan. Arginin kinase dengan kode alergen (Pen m 2) merupakan alergen yang terdapat di bahan pangan udang windu (Penaeus monodon) dan dapat memicu terjadinya alergi. Tujuan dari penelitian ini untuk mendapatkan struktur tiga dimensi dan mendapatkan profil hidrolisat arginin kinase secara in silico. Metode penelitian dengan tahap pertama ialah pencarian identitas dan karakteristik fisikokimia arginine kinase berupa family, berat molekul, nilai pI teoritis, nilai grand average of hidropathicity (GRAVY) dan indeks kestabilan. Selanjutnya tahap kedua ialah penentuan struktur tiga dimensi. Tahap ketiga ialah memprediksi profil hasil hidrolisis protein alergen arginin kinase secara enzimatis (pepsin, tripsin dan kimotripsin) dan non-enzimatis (asam format). Hasil dari penelitian ini menjelaskan bahwa Pen m 2 merupakan family ATP:guanido phosphotransferase dengan pola kinase fosfagen. Struktur tiga dimensi Arginin kinase (Pen m 2) memiliki hasil identitas sekuens 96,91% dan nilai Ramachandran favoured ialah 97,18%. Hidrolisis arginin kinase menggunakan enzim pepsin, kimotripsin dan tripsin menghasilkan peptida terpanjang 11 asam amino (berat molekul 1210 Da), sehingga menunjukkan penurunan alergenisitas arginin kinase (Pen m 2). Hidrolisis menggunakan asam format menghasilkan peptida terpanjang ialah 69 asam amino (berat molekul 7590 Da) yang masih berpotensi alergenik