Leptin gene polymorphism of Ongole Grade cattle based on single nucleotide polymorphism

Abstract

Mutasi titik pada sekuen nukleotida gen leptin exon 2 yang mengubah pengodean asam amino dari Arginin menjadi Sistein diduga dapat mengubah fungsi fisiologis hormon leptin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman gen leptin berdasarkan perubahan basa pada sekuen nukleotida (Single Nucleotide Polymorphism/SNP) di gen leptin pada sapi Peranakan Ongol (PO). Sampel DNA diperoleh dari 48 ekor sapi PO di Balai Pengembangan Perbibitan Ternak Sapi Potong (BPPT-SP) Cijeungjing Jawa Barat, yang diisolasi dari sel darah putih dengan metode garam pekat. Perbanyakan DNA dengan Polymerase Chain Reaction (PCR), dilanjutkan dengan sekuensing untuk mendapatkan sekuen nukleotida. Analisis SNP dilakukan dari pensejajaran (alignment) hasil sekuensing menggunakan program Bioedit dan MEGA 5.2. Hasil penelitian menunjukkan pada gen leptin exon 2 sapi PO ditemukan satu SNP yang tidak mengubah pengodean asam amino serin pada posisi g.1025T>C/S17S dan dua SNP yang mengubah pengodean asam amino g.1047C>T/R25C, yaitu Arginin menjadi sistein dan g.1048G>A/R25H yang mengubah Arginin menjadi Histidin. Pada sapi PO frekuensi alel A (44,8%) lebih tinggi dari alel C (33,3%) dan alel T (21,9%). Terdapat enam genotip, yaitu AA (41,7%) frekuensinya lebih tinggi dari genotipe CC (20,8%), CT (20,8%), CA(4,2%), TT (10,4%) dan TA (2,1%). Keragaman genetik berdasarkan gen leptin pada sapi PO adalah 0,65 yang termasuk dalam kategori tinggi. Alel A adalah alel spesifik pada sapi lokal Indonesia.