METODE EKSTRAKSI DNA PA DA Jatropha spp. TANPA MENGGUNAKAN NITROGEN CAIR / DNA Extraction Method of Jatropha spp. without Liquid Nitrogen

Abstract

ABSTRAK Ekstraksi DNA merupakan salah satu tahap penting dalam kegiatan pemuliaan berbasis molekuler. Jarak merupakan salah satu tanaman dengan kandungan getah cukup tinggi sehingga proses ekstraksi DNA cukup sulit dilakukan. Selama ini metode ekstraksi yang dikembangkan umumnya menggunakan nitrogen cair untuk menghancurkan jaringan tanaman. Nitrogen cair merupakan senyawa yang cukup sulit untuk didistribusikan ke laboratorium yang letaknya jauh dari kota. Tujuan penelitian ini adalah untuk memperoleh teknik ekstraksi DNA jarak yang mampu menghasilkan DNA dengan kualitas dan kuantitas yang baik tanpa menggunakan nitrogen cair. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biologi Molekuler, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian (BB Biogen), Bogor pada bulan November hingga Desember 2015. Terdapat lima spesies jarak asal Thailand yang digunakan pada penelitian ini yaitu Jatropha curcas, Jatropha podagrica, Jatropha gossypifolia, Jatropha multifida, dan Baliospermum solanifolium. Ekstraksi DNA dilakukan melalui modifikasi buffer CTAB melalui penambahan senyawa PVP, natrium metabisulfit, sukrosa dan asam askorbat. Bagian tanaman yang digunakan berupa daun yang masih muda. Hasil penelitian menunjukkan DNA jarak yang diekstraksi dengan metode ini mempunyai kualitas dan kuantitas yang baik serta mampu diamplifikasi dengan baik. Metode ini mampu mengurangi ketergantungan terhadap nitrogen cair yang ketersediaannya terbatas di laboratorium yang lokasinya jauh dari kota. Kata kunci: Jatropha spp., ekstraksi, DNA, nitrogen cair ABSTRACT Physic nut is one of potential plant which produces biofuel. It is necessary to do an intensive breeding program either conventionally or molecularly based to develop new varieties of physic nut. All this time the physic nut DNA extraction methods always used liquid nitrogen to destroy the plant tissue. Liquid nitrogen is not always available, especially in remote areas. Physic nut has high latex content which makes extraction process more difficult. The aim of this study was to find the technique of DNA extraction which can give a good result without using liquid nitrogen. This research was conducted in Molecular Biology Laboratory, ICABIOGRAD Bogor from November to Desember 2015. There were five Jatropha species from Thailand which used in this research e.g. Jatropha curcas, Jatropha podagrica, Jatropha gossypifolia, Jatropha multifida, and Baliospermum solanifolium. The extraction method used modification CTAB by addition of PVP, sodium metabisulphite, sucrose and ascorbic acid. The young leaves were used as the part to be extracted. The results showed that the modified method could produce a good quality and quantity of DNA. The banding pattern of DNA amplification clearly visible under UV light. This method can reduce the dependency of liquid nitrogen.