Diversity Analysis of Genus Vibrio in Enterocytozoon Hepatopenaei (EHP) Infected Shrimp with Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC PCR) Method

Abstract

Udang merupakan salah satu komoditas unggulan nasional dan memiliki nilai ekonomi yang tinggi. Produksi udang budidaya di Indonesia tahun 2012-2017 mengalami kenaikan secara signifikan. Meski mengalami kenaikan, masih terdapat masalah yang harus diatasi, salah satunya adalah penyakit yang disebabkan oleh parasit Enterocytozoon Hepatopenaei (EHP). Infeksi EHP mengganggu sel tubulus hepatopankreas. Lesi yang disebabkan oleh EHP dapat menjadi tempat pertumbuhan koloni Vibrio sehingga meningkatkan kemungkinan munculnya penyakit lain. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keanekaragaman Vibrio pada udang terinfeksi EHP yang dianalisis dengan Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus Polymerase Chain Reaction (ERIC PCR). ERIC PCR dapat membedakan strain bakteri yang berkerabat dekat, prosedur kerja yang sederhana, cepat dan murah. Bakteri Vibrio diisolasi dari hepatopankreas, feses dan air udang terinfeksi EHP dan udang sehat (kontrol), dilanjutkan dengan ekstraksi DNA, ERIC PCR, elektroforesis dan konstruksi pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa jumlah bakteri Vibrio pada hepatopankreas, air dan feses udang terinfeksi EHP lebih tinggi dibandingkan dengan udang sehat. Udang terinfeksi EHP memiliki keanekaragaman Vibrio yang lebih rendah dari pada udang sehat. Hal ini menunjukkan adanya spesies Vibrio spesifik yang mendominasi pada udang terinfeksi EHP.