Detection of Borrelia-specific 16S rRNA sequence in total RNA extracted from Ixodes ricinus ticks

Abstract

A reverse transcriptase - polymerase chain reaction based assay for Borrelia species detection in ticks was developed. The method was based on amplification of 552 nucleotide bases long sequence of 16S rRNA, targeted by Borrelia specific primers. In the present study, total RNA extracted from Ixodes ricinus ticks was used as template. The results showed higher sensitivity for Borrelia detection as compared to standard dark-field microscopy. Method specificity was confirmed by cloning and sequencing of obtained 552 base pairs long amplicons. Phylogenetic analysis of obtained sequences showed that they belong to B. lusitaniae and B. afzelii genospecies. RT-PCR based method presented in this paper could be very useful as a screening test for detecting pathogen presence, especially when in investigations is required extraction of total RNA from ticks.Para a detecção de espécies de Borrelia em carrapatos, desenvolveu-se a técnica da transcrição reversa, seguida da reação em cadeia da polimerase (RT-PCR). A técnica baseou-se na amplificação de 552 bases de nucleotídeos de 16S rRNA, utilizando-se primers específicos de Borrelia. O RNA total extraído de amostras de carrapatos Ixodes ricinus foi usado como modelo. Verificou-se maior sensibilidade da RT-PCR, para a detecção de Borrelia, em comparação com a microscopia de campo escuro padrão. A especificidade da técnica foi confirmada por clonagem e sequenciamento dos 552 pares de base obtidos. A análise filogenética das sequências obtidas revelou que pertencem a B. lusitaniae e genospecies B. afzelii. A RT-PCR apresentada neste trabalho poderá ser muito útil como teste de triagem para detectar a presença do patógeno. Especialmente quando em investigações, é necessária a extração total de RNA de carrapatos.