Analisis Epitope Sel T pada SARS-Cov2 dengan Pendekatan Bioinformatika

Abstract

Pada awal tahun 2020 dunia digemparkan dengan tersebarnya wabah secara global yang menyerang pernapasan seperti wabah SARS pada tahun 2003, yaitu COVID-19. Virus penyebab wabah yang bernama SARS-Cov2 ini ternyata memiliki kemiripan ~87.5% dengan SARS-Cov. Kemiripan ini dapat digunakan untuk mengembangkan obat dan vaksin yang sesuai dengan virus yang sekarang. Dalam hal ini, pendekatan secara bioinformatika dapat dilakukan sebagai tahap awal pengembangan vaksin. Salah satu cara pengembangan vaksin adalah vaksin berbasis epitope. Data biologi yang tersedia dan diserahkan kepada publik terkait epitope Sel T dan sekuen protein pada virus dapat diolah dengan beberapa tool bioinformatika yang tersedia secara online. Makalah ini membandingkan perhitungan karakter physicochemical antara epitope SARS-Cov dan sekuen protein SARS-Cov2 pada lokasi yang sama. Karakter yang dibandingkan yaitu berat molekuler, titik isoelectric, indeks alifatik, GRAVY, indeks kestabilan, dan antigenisitas. Pengolahan data dilakukan dengan matriks korelasi. Dari hasil pengolahan tersebut diketahui bahwa karakter physicochemical antara SARS-Cov dan SARS-Cov2 memiliki hubungan yang kuat.