The Use of Molecular Marker Methods in Plants: A Review

Abstract

(Makalah diterima 4 Januari 2011 – 9 Maret 2011) ABSTRAK Filogenetika digambarkan sebagai klasifikasi secara taksonomi dari suatu organisme berdasarkan pada sejarah evolusi yaitu filogeninya mereka dan merupakan bagian integral dari ilmu pengetahuan yang sistematik yang mempunyai tujuan untuk menentukan filogeni dari organisme berdasarkan pada karakteristiknya. Analisis filogenetika sekuen asam amino dan protein biasanya akan menjadi wilayah yang penting dalam analisis sekuen. Analisis filogenetika juga digunakan untuk mengikuti perubahan yang terjadi secara cepat yang mampu mengubah suatu spesies, seperti virus. Pohon evolusi adalah sebuah grafik dua dimensi yang menunjukkan hubungan diantara organisme atau lebih spesifik lagi adalah sekuen gen dari organisme. Pemisahan sekuen disebut taxa (atau taxon jika tunggal) yang didefinisikan sebagai jarak filogenetika unit pada sebuah pohon. Pohon terdiri dari cabang-cabang luar (outer branches) atau daun-daun (leaves) yang merepresentasikan taxa dan titik-titik (nodes) dan cabang merepresentasikan hubungan diantara taxa, Ketika sekuen nukleotida atau protein dari dua organisme yang berbeda mempunyai kemiripan, maka mereka diduga diturunkan dari sekuen common anchestor. Terdapat tiga metode dalam filogenetika yang dibahas dalam makalah ini, yaitu: (1) Maximum parsimony, (2) Distance dan (3) Maximum likehoood yang secara umum digunakan untuk membentuk pohon evolusi atau pohon terbaik untuk mengamati variasi sekuen dalam kelompok. Masing-masing metode ini digunakan untuk tipe analisis yang berbeda dan penggunaanya disesuaikan dengan bentuk dan jenis data yang akan diolah. Kata kunci: filogenetik, analisis, evolusi, sekuen nukleotida/protein ABSTRACT MOLECULAR PHYLOGENETIC: ORGANISM TAXONOMY METHOD BASED ON EVOLUTION HISTORY