Genetic variability in physic nuts cultivated in Northeastern Brazil

Abstract

This research had as objective to characterize genetically individuals of physic nut cultivated in experimental areas in Sergipe, Brazil by means of RAPD molecular markers. Leaves of 40 individuals were collected and DNA was isolated using CTAB 2% method. Were used 30 primers RAPD for DNA amplification, and this data was used to estimate the genetic similarity among the pairs of individuals, using Jaccard coefficient, and group them out for the UPGMA method. Also, the genetic structure and diversity of the populations were assessed using AMOVA. Of the 100 fragments generated, 29 of were polymorphic. A similarity average of 0.54 among the individuals was found and the amplitude similarities varied from 0.18 to 1.00. One of them (U5) was unit clusters and formed by the most divergent individuals. AMOVA indicated that there is more variation within (63%) the population. In conclusion, it was possible verify genetic variability in physic nut using RAPD markers at these experimental areas.O trabalho teve como objetivo caracterizar genótipos de pinhão manso cultivados em áreas experimentais do Estado de Sergipe no Brasil, por meio de marcadores moleculares RAPD. Foi utilizada a metodologia CTBA 2% para extração do DNA de 40 genótipos e para a amplificação do DNA foram utilizados 30 primers RAPD. Os dados foram utilizados para estimar a similaridade genética entre pares de genótipos, usando o coeficiente de Jaccard e o método UPGMA para agrupamento e avaliação da estrutura genética e diversidade de populações usando AMOVA. Fragmentos (100) foram gerados, sendo 29 polimórficos. A similaridade encontrada foi de 0,54 entre genótipos, sendo que a amplitude variou de 0,18 a 1,00. O genótipo U5 foi o mais divergente, agrupado isoladamente dos demais. A AMOVA indicou que a maior variação é encontrada dentro da população (63%). É possível verificar a variabilidade genética em pinhão manso usando marcadores RAPD nas áreas experimentais estudadas.