IDENTIFKASI VARIASI GENETIK KERBAU (Bubalus bubalis) PACITAN DAN TUBAN BERBASIS MIKROSATELIT

Abstract

Kurangnya pelestarian kerbau dapat mengancam populasi, sehingga perluusaha menjaga plasma nutfah dan upaya awal mengetahui variasi kerbau di daerah endemik. Pacitan dan Tuban merupakan daerah endemik di Jawa Timur. Penelitian deskriptif eksploratif ini bertujuan menjelaskan variasi fenotip dan genotip kerbau. Fenotip meliputi bentuk dan warna tubuh, warna mata, panjang tanduk, leherdan ekor, lingkar dada, tinggi dan panjang badan, ukuran kepala. Penelitian genotip dilakukan menggunakan primer HEL09 dan INRA023 yang ditunjukkan adanya pita (alel) DNA homozigot maupun heterozigot. Penelitian diawali dengan pengambilan sampel darah, isolasi DNA dan elektroforesis gel agarose. Polimerase Chain Reaction (PCR) dilakukan untuk memperbanyak konsentrasi DNA, elektroforesis Poliacrylamidegel dan silver staining untuk mengetahui alel DNA. Analisis hasil penelitian menunjukkan nilai heterozigositas kerbau Pacitan dengan primer HEL09 sebesar 54%, PIC 42%, sedangkan dengan primer INRA023 nilai heterozigositas sebesar 88%, PIC 77%. Pada daerah Tuban, nilai heterozigositas dimunculkan primer HEL09 sebesar 55%, PIC 36%. Nilai heterozigositas dimunculkan primer INRA023 sebesar 60,96% PIC 53%. Nilai PIC dimunculkan primer INRA023 lebih besar daripada nilai PIC HEL09, sehingga primer INRA023 lebih polimorfik daripada primer HEL09 dan lebih dapat menjelaskan tentang variasi dalam suatu populasi.