DIAGNOSIS CEPAT VIRUS AVIAN INFLUENZA TIPE A SUBTIPE H5 DARI SPESIMEN LAPANGAN DENGAN METODE ONESTEP SIMPLEX RT-PCR

Abstract

Virus avian influenza (AI) merupakan virus dengan materi genetik RNA single-stranded sense negatif, beramplop yang termasuk dalam famili Orthomyxoviridae. Onestep simplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) merupakan salah satu metode diagnosis yang dapat diandalkan untuk mendeteksi virus AI. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menerapkan metode diagnosis cepat virus AI pada spesimen lapangan secara langsung dari pasar unggas berdasarkan amplifikasi RT-PCR gen M dan H5 dengan metode yang berbasis onestep simplex RT-PCR tanpa melalui proses inokulasi dan propagasi virus AI dalam telur ayam berembrio (TAB). Sebanyak 35 sampel spesimen lapangan dari swab trakea unggas yang berasal dari pasar unggas di Terban, Kotamadya Yogyakarta digunakan dalam penelitian ini. Amplifikasi DNA secara onestep simplex RT-PCR pada gen matriks (M) dilakukan terhadap seluruh sampel. Pada sampel-sampel yang menunjukkan hasil positif pada amplifikasi gen M kemudian dilakukan amplifikasi RT-PCR secara lebih lanjut untuk gen H5 virus AI. Produk hasil amplifikasi RT-PCR gen M dan H5 divisualisasikan menggunakan elektroforesis gel agarose konsentrasi 1% dengan pewarnaan SYBR® Safe DNA Gel Staining. Hasil amplifikasi RT-PCR gen M menunjukkan bahwa dari 35 sampel diperoleh 8 sampel positif terinfeksi virus AI tipe A yang ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA sebesar 200 bp, sedangkan hasil amplifikasi gen H5 sebanyak 5 dari 8 sampel-sampel tersebut merupakan virus AI tipe A subtipe H5 yang ditunjukkan dengan adanya fragmen DNA sebesar 545 bp. Diagnosis cepat virus AI tipe A subtipe H5 secara langsung dari spesimen lapangan di pasar unggas dapat dilakukan dengan metode onestep simplex RT-PCR, namun metode diagnosis tersebut tidak dapat mendeteksi keberadaan virus AI dalam sampel yang virusnya terlalu sedikit.