IDENTIFICATION OF GENETIC DIVERSITY CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT II (COII) MITOCHONDRIAL GENE AS GENETIC MARKER FOR ANISAKIS SPECIES IN Euthynnus affinis

Abstract

This study aimed to get specific genetic marker for Anisakis sp. identification on mackerel tuna using gene sequence cytochrome oxidase subunit II (COII) mitochondrial deoxyribonucleic acid (mtDNA) and to identify taxonomic affiliation between Anisakis sp. from Indonesia and others Anisakis sp. from GenBank database. This study started with sample collections at three fish auctions in Cilacap (Central Java), morphology classification, DNA isolation, and molecular based identification using polymerase chain reaction (PCR) and sequencing methods. Molecular based identification of Anisakis used gene amplification COII mtDNA as a cell target prior to sequence. Morphology characteristic results showed that Anisakis nematodes which infected mackerel tuna classified as type II L3 larvae. Molecular based identification showed significant result, which found 530 bp COII DNA gene fragment similar to target cell. Gene sequencing alignment results of COII Anisakis gene compared with GenBank showed 11 different nucleotide sites that can be used as genetic barcode for Indonesian Anisakis sp. This study showed that Anisakis sp. infected mackerel tuna in Java Sea is Anisakis physeteris and considered as zoonosis. ____________________________________________________________________________________________________________________ ABSTRAKPenelitian ini bertujuan mendapatkan penanda genetik spesifik untuk identifikasi spesies Anisakis pada ikan tongkol menggunakan urutan gen cytochrome oxidase subunit II (COII) mitochondrial deoxyribonucleic acid (mtDNA) serta mengetahui afiliasi taksonomi spesies Anisakis asal Indonesia dengan spesies Anisakis lainnya dari database GenBank. Penelitian ini diawali dengan koleksi sampel di tiga Tempat Pelelangan Ikan (TPI) di kabupaten Cilacap Jawa Tengah, karakterisasi morfologi, isolasi DNA, serta dilanjutkan dengan identifikasi berbasis molekuler dengan metode polymerase chain reaction (PCR) dan pengurutan. Identifikasi Anisakis berbasis molekuler dilakukan dengan amplifikasi gen COII mtDNA sebagai gen target, kemudian diurutkan. Hasil karakterisasi morfologi menunjukkan bahwa nematoda Anisakis yang menginfeksi ikan tongkol termasuk larva L3 tipe II. Identifikasi berbasis molekuler memberikan hasil yang baik, dengan ditemukan fragmen DNA gen COII berukuran 530 bp sesuai gen target. Hasil pensejajaran urutan gen COII Anisakis dengan pembanding dari GenBank memperlihatkan adanya 11 situs nukleotida pembeda yang dapat dijadikan penanda genetik (barcode) untuk spesies Anisakis asal Indonesia. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa spesies Anisakis yang menginfeksi ikan tongkol di perairan laut Jawa merupakan spesies Anisakis physeteris dan bersifat zoonosis.