Aplikasi Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) NCBI Pada Penelitian Molekuler Salmonella SPP

Abstract

Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) merupakan tool  pada website NCBI yang banyak digunakan pada penelitian mikrobiologi molekuler. Tujuan penelitian ini adalah melakukan review sistematik dari fungsi program BLAST dan menentukan parameter penting yang diaplikasikan pada penelitian Salmonella asal produk pangan. Salmonella spp. menjadi fokus karena bakteri ini terdiri dari  banyak serovar yang memiliki variasi dalam mekanisme virulensi, perbedaan patogenitas dan adaptasi Salmonella terhadap inangnya. Pencarian artikel dilakukan dengan menggunakan mesin pencari  PUBMED dan  Google Scholar, dengan penentuan kriteria artikel dengan menggunakan metode PICO (problem/population, intervention, comparation, outcome), dan penyeleksian artikel dengan menggunakan metode PRISMA. Hasil penelitian terseleksi 30 artikel yang masuk dalam kriteria. Fungsi  BLAST diaplikasikan pada 4 fungsi yaitu: (1) mengidentifikasi sekuens, (2) menemukan DNA target dengan efisien, (3) menyimpulkan fungsi gen dan menduga domain architecture dari struktur proteinnya, serta (4) merancang primer. BLAST NCBI yang digunakan adalah BLASTn, BLASTp serta PRIMER BLAST. Aplikasi tersebut dapat digunakan dengan memperhatikan parameter penting pada empat fungsi tersebut