Métagénomique virale et pathologie

Abstract

L’étude des maladies virales humaines, animales et végétales a récemment bénéficié du développement de la métagénomique en écologie. Cette approche, dite sans a priori, consiste à décrire le génome viral total, ou virome, d’une fraction d’un écosystème sans tenir compte de cibles moléculaires déjà connues. Les premiers résultats de la métagénomique en pathologie virale ont été obtenus très localement au niveau d’un tissu ou d’un organe. Ils ont débouché sur la découverte de nouveaux virus et ont permis des avancées sur le plan du diagnostic, de l’épidémiologie moléculaire et de l’évolution virale. Ces travaux sont d’une grande pertinence pour réévaluer des concepts en pathologie et, notamment, le rôle biologique des virus dans un organisme. Ils révèlent la nécessité d’actualiser les méthodes de diagnostic.