QSAR modeling: um novo pacote computacional open source para gerar e validar modelos QSAR

Abstract

Recebido em 4/6/12; aceito em 15/11/12; publicado na web em 12/3/13 QSAR MODELING: A NEW OPEN SOURCE COMPUTATIONAL PACKAGE TO GENERATE AND VALIDATE QSAR MODELS. QSAR modeling is a novel computer program developed to generate and validate QSAR or QSPR (quantitative structure-activity or property relationships) models. With QSAR modeling, users can build partial least squares (PLS) regression models, perform variable selection with the ordered predictors selection (OPS) algorithm, and validate models by using y-randomization and leave-N-out cross validation. An additional new feature is outlier detection carried out by simultaneous comparison of sample leverage with the respective Studentized residuals. The program was developed using Java version 6, and runs on any operating system that supports Java Runtime Environment version 6. The use of the program is illustrated. This program is available for download at lqta. iqm.unicamp.br. INTRODUÇÃO O estudo das relações quantitativas entre a estrutura química e a atividade biológica ou alguma propriedade físico-química (QSAR/ QSPR) é uma área de destaque hoje na comunidade científica. Por exemplo, na área da físico-química estudos de QSPR são essenciais na predição de propriedades que são difíceis de serem medidas experimentalmente. Já na área de química medicinal teórica, a pre-dição da atividade biológica de novos compostos usando relações matemáticas baseadas em propriedades estruturais, físico-químicas e conformacionais de potenciais agentes previamente testados é um campo de pesquisa extremamente ativo e promissor. Relações QSAR são úteis para entender e explicar o mecanismo de ação de fármacos em nível molecular e permite o projeto e o desenvolvimento de novos compostos com propriedades biológicas desejáveis.