Simultaneous Indel of Intron 7 of Branched-Chain α-Ketoacid Dehydrogenase E1a (BCKDHA) Gene in Madura Cattle

Abstract

ABSTRAK Sapi Madura merupakan salah satu bangsa sapi lokal Indonesia yang berasal dari persilangan sapi Zebu (Bos indicus) dan banteng (Bos javanicus). Branched-chain α-ketoacid dehydrogenase (BCKDH) adalah salah satu dari kompleks enzim utama yang ada di membran dalam mitokondria yang memetabolisme branched chain amino acid (BCAA), yaitu valin, leusin, dan isoleusin. Keragaman runutan nukleotida suatu gen sangat menentukan efisiensi dari enzim yang disandikannya. Tulisan ini bertujuan untuk mengidentifikasi variasi nukleotida yang terdapat pada ruas intron 7, ekson 8, dan intron 8 gen BCKDHA pada sapi Madura. Penelitian ini dilakukan terhadap tiga peruntukan sapi Madura, yaitu sapi karapan (balapan), sapi sonok (pajangan), dan sapi sayur (pedaging). Hasil analisis menunjukkan bahwa variasi pada intron lebih tinggi dibandingkan dengan ekson. Indel simultan ditemukan pada posisi basa ke-34 dan 68 pada sapi sonok. Selain itu, ditemukan varian C266T pada sapi pedaging. Varian-varian tersebut tidak menyebabkan terjadinya perubahan asam amino yang signifikan. Tidak ada mutasi khusus pada ruas intron 7, ekson 8, dan intron 8 yang ditemukan pada peruntukan sapi Madura. Hal ini menunjukkan tidak adanya diferensiasi peruntukan sapi Madura dari sisi tekanan seleksi terhadap gen BCKDHA. Kata kunci: gen BCKDHA, indel simultan, sapi Madura ABSTRACT Madura cattle is one of the Indonesian local cattle breeds derived from crossing between Zebu cattle (Bos indicus) and banteng (Bos javanicus). Branched-chain α-ketoacid dehydrogenase (BCKDH) is one of the main enzyme complexes in the inner mitochondrial membrane that metabolizes branched chain amino acid (BCAA), ie valine, leucine, and isoleucine. The diversity of the nucleotide sequences of the genes largely determine the efficiency of enzyme encoded. This paper aimed to determine the nucleotide variation contained in section intron 7, exon 8, and intron 8 genes BCKDHA on Madura cattle. This study was conducted on three Madura cattle that used as bull race (karapan), beauty contest (sonok), and beef cattle. The analysis showed that the variation in intron higher than occurred in the exon. Simultaneous indel found at base position 34 and 68 in sonok cattle. In addition, the C266T variant found in beef cattle. These variants do not cause significant changes in amino acids. There was no specific mutation in intron 7, exon 8, and intron 8 were found in Madura cattle designation. This indicated the absence of differentiation Madura cattle designation of selection pressure of BCKDHA gene.