PENGUKURAN KEMIRIPAN SEMANTIK BERBASIS GRAPH PADA GENE ONTOLOGY

Abstract

Ontologi mendukung suatu sistem Knowledge Management dan membuka kemungkinan untuk berpindah dari pandangan berorientasi dokumen ke arah pengetahuan yang saling terkait dan dapat dimanfaatkan kembali secara lebih fleksibel dan dinamis. Salah satu dokumen ontology yang sangat berperan dalam dunia bioinformatika adalah Gene Ontology. Gene Ontology dibangun berbasis Graph, memuat banyak term/istilah tentang Gen pada makhluk hidup. Gen dapat melakukan mutasi dan hal ini menyebabkan resistensi terhadap segala jenis obat. Gen yang diketahui menyebabkan penyakit malaria resisten terhadap obat antimalarial yaitu gen dhfr dan dhps. Penelusuran kemungkinan gen lain yang resisten dapat dilakukan dengan mengetahui sifat-sifat gen yang berhubungan dengan resistensi tersebut. Salah satu cara adalah dengan menghitung kemiripannya secara semantik melalui pendekatan path length metode Wang. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rentang nilai kemiripan kedua gen tersebut adalah 0 – 1. Nilai kemiripan diuji pada salah satu komponen dalam Gene Ontology yaitu pada Molecular Function dengan nilai kemiripan sebesar 0.35 karena terhubung oleh 2 node yang sama yaitu catalytic activity. Dengan demikian penelitian ini diharapkan dapat mendeteksi gen lain yang terindikasi resistensi sebelum penelitian lebih lanjut secara molekuler.