Molecular Modelling

Abstract

Moleküle werden in der Chemie bevorzugt anhand zweidimensionaler Strukturformeln kommuniziert. Dieser Formalismus hat sich bewährt und als enorm fruchtbar erwiesen. Nicht zu unterschätzen ist die Fähigkeit eines Chemikers, Strukturformeln schnell zu erfassen und intellektuell zu verarbeiten. Die Schreibweise hat aber auch ihre Grenzen. Insbesondere ist aus der chemischen Formel die dreidimensionale Gestalt eines Moleküls nicht ohne Weiteres ersichtlich. Diese ist aber für die physikalischen, chemischen und biologischen Eigenschaften von Wirkstoffen und damit auch für das Wirkstoffdesign von großer Bedeutung. Daher kommt der Strukturbestimmung (Kapitel 13) besondere Bedeutung zu.Wann immer möglich wird man versuchen, zur Erklärung von Struktur-Wirkungsbeziehungen experimentell bestimmte 3DStrukturen des Wirkstoffs und des Zielproteins heranzuziehen. Allerdings besteht immer noch häufig das Problem, dass diese Strukturen nicht verfügbar sind. In diesem Fall bleibt zur Erklärung experimenteller Befunde durch Strukturbetrachtungen nur die Erzeugung eines Modells.