日本鼓虾线粒体基因组: 真虾下目内部的基因重排与系统发育

Abstract

在日本鼓虾线粒体基因组完成的基础上, 结合现有线粒体基因组数据, 全面揭示了 真虾类线粒体基因组的基本特征. 日本鼓虾线粒体基因组全长16487 bp, 包含37 个基因, 与后 生动物线粒体基因组的标准基因组成一致. 4 个已完成的真虾类(罗氏沼虾、日本沼虾、沼虾 Macrobrachium lanchesteri 和夏威夷红虾)线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物的原始排列 完全相同, 过去曾经认为在真虾下目线粒体基因组中没有基因重排现象. 然而, 鼓虾线粒体基 因组中存在1 个转运RNA基因(trnE)的易位和反转, 这种基因排列方式在其他甲壳动物线粒体 基因组中未见报道. 同时, 脊尾白虾线粒体基因组中存在1 个转运RNA 基因(trnP 或trnT)的易 位. 分别统计了2 种鼓虾(日本鼓虾和鲜明鼓虾)和3 种沼虾(罗氏沼虾、日本沼虾和沼虾M. lanchesteri)13 个蛋白质编码基因(PCGs)非同义替换与同义替换的比值(Ka/Ks), 发现鼓虾和沼 虾所有线粒体蛋白质编码基因的Ka/Ks 均小于1, 显示出强烈的纯化选择. 基于线粒体基因组 的系统发育分析结果, 强烈支持长臂虾科和鼓虾科为单系群, 并且其在科级的亲缘关系为: (长 臂虾科+鼓虾科)+匙指虾科(BPM=100, BPP=100).