Phylogenetic and evolutive pressure analyses of nucleotide sequences of VP4 gene of human enterovirus species

Abstract

El género Enterovirus es un grupo viral que afecta a un amplio rango de hospederos, entre ellos los humanos (especies A, B, C, y D), causan enfermedades respiratorias, gastrointestinales, neurológicas, y otras, y son altamente contagiosos. Los síntomas pueden ser leves o graves. El objetivo del trabajo fue analizar la variación nucleotídica, filogenética y de presión evolutiva de secuencias nucleotídicas del gen VP4 de las cuatro especies que afectan a los humanos. Se emplearon 92 secuencias nucleotídicas disponibles en la base de datos GenBank; éstas se editaron con el software BioEdit y se alinearon con Clustal W; las relaciones filogenéticas se determinaron con MEGA6, y las presiones evolutivas con los algoritmos SNAP y SLAC. Se encontró que la identidad nucleotídica mínima intra-especie fue de 43,2% (especie B) a 72,6% (especie D). Los genotipos más variables por especie fueron EV-71 (A), Echovirus 2 (B), EV-118 (C), y EV-94 (D). El análisis de presión evolutiva mostró que el gen VP4 en las cuatro especies evoluciona bajo presión selectiva negativa. Esto indicaría que la alta tasa mutacional y eventos de recombinación no tienen un rol significativo en la evolución de este gen, debido probablemente a la localización interna de la proteína VP4. Palabras claves: Enterovirus humanos, secuencias nucleotídicas, gen VP4, análisis filogenético, presión selectiva. Phylogenetic and evolutive pressure analyses of nucleotide sequences of VP4 gene of human enterovirus species A B S T R A C T The Enterovirus genus is a viral group that affects a wide host range, including humans (species A, B, C and D), cause respiratory, gastrointestinal, and neurologic disease, among others, and are highly contagious. The symptoms range from mild to severe. The objective of this study was to perform a nucleotidic variation, phylogenetic and selective pressure analyses of the VP4 gene from the four enterovirus species that affect humans. Ninety-two nucleotide sequences (available in the GenBank database) were employed; they were edited with BioEdit software and aligned with Clustal W; the phylogenetic relationships were determined with MEGA6, and the evolutive pressures with SNAP and SLAC algorithms. It was found an intra-species nucleotide identity of at least 43,2% (species B) to 72,6%