MDR-1 GENE 1199 VARIANT PRIMER DESIGN TECHNIQUES IN PEDIATRIC PATIENT BUFFY COAT SAMPLES WITH LLA

Abstract

Single Nucleotide Polymorphism (SNP) 1199 dapat diidentifikasi menggunakan sampel buffy coat dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Komponen- komponen yang diperlukan pada proses PCR adalah template DNA; sepasang primer, yaitu suatu oligonukleotida pendek yang mempunyai urutan nukleotida yang komplementer dengan urutan nukleotida DNA templat; dNTPs (Deoxynucleotide triphosphates); buffer PCR; magnesium klorida (MgCl2) dan enzim polimerase DNA (Handoyo dan Rudiretna, 2001). Primer sangat mempengaruhi spesifitas dan sensitivitas reaksi PCR. Rancangan suatu primer merupakan salah satu parameter penentu keberhasilan suatu proses PCR (Ebd-Elsalam, 2003). Primer untuk sekuensing gen MDR-1 variant 1199 berhasil didesain dalam kondisi terbaik. Panjang sekuen primer forward sejumlah 21 oligonukleotida dan reverse sejumlah 20 oligonukleotida dengan fragmen sebesar 225 pb.