Identifikasi Bakteri secara Molekular Menggunakan 16S rRNA

Abstract

Identifikasi bakteri secara molekular saat ini banyak dipilih oleh para peneliti diberbagai bidang terkait berbagai keuntungan dan kemudahan yang ditawarkannya. Salah satu metode identifikasi bakteri yang paling umum digunakan adalah dengan menggunakan penanda gen 16S rRNA. Panjang urutan gen 16S rRNAadalah sekitar 1.550 bpdan terdiri dari daerah yang dilestarikan (conserved regions).Beberapa keuntungan dalam identifikasi menggunakan 16S rRNA adalah dapat mengidentifikasi bakteri yang tidak dapat dikultur, memiliki tingkat akurasi yang tinggi, waktu yang dibutuhkan relatif cepat, danlain-lain. Disamping berbagai kelebihannya, ternyata metode ini juga memiliki beberapa kekurangan diantaranya tidak sesuai digunakan untuk spesies tertentu.Langkahidentifikasi bakteri menggunakan 16S rRNAsecara umum adalah ekstraksi DNA, amplifikasi daerah 16S menggunakan PCR, visualisasi genmenggunakan elektrofesis, sekuensing, dan mengolah data hasil sekuensing dengan bioinformatika.