Variasi Sekuens Gen Cythocrome b untuk DNA Barcoding Ikan Wader Pari (Rasbora sp.)

Abstract

Sitokrom b merupakan mtDNA yang sering digunakan sebagai bahan DNA barcoding untuk berbagai spesies ikan. Ikan wader pari dari subfamili rasborinae masih memerlukan kajian molekuler untuk mengetahui variasi keragaman. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui potensi yang digunakan Cytb sebagai DNA Barcoding ikan Wader Pari. Metode penelitian ini secara in slico menggunakan komputer, diawali dengan mendapatkan sekuens melalui GeneBank dari website NCBI yang diakses pada 6 Desember 2024. Kemudian dilakukan sekuens multiple alignment, similarity sekuens dan analisis filogenetik menggunakan software genious. Hasil menunjukkan berdasarkan tingkat kesamaan yang berkisar 88-97%, Cytb sangat berpotensi untuk digunakan sebagai DNA Barcoding Ikan Wader Pari. Hasil filogenetik menunjukkan variasi genetika ikan Wader yang cukup beragam. Filogenetik terdapat 3 clade yang menandakan variasi sekuens ikan wader. Desain primer juga dilakukan untuk mengetahui potensi produk primer yang dapat digunakan sebagai primer universal.