Karakterisasi Nukleotida Daerah Ekson 5 dan 6 Gen LDLR Penduduk Papua

Abstract

Keragaman suku di Papua berpotensi menghasilkan keragaman genetik. Gen LDLR adalah gen pengkode protein reseptor LDL (LDL-R) yang berperan sangat penting dalam homeostasis kolesterol. Gen LDLR terdiri dari 18 ekson dan 17 intron yang membentang sepanjang 45 kilo basa (kb). Daerah ekson 5 dan 6 merupakan bagian struktural yang penting dalam menyandi asam amino penyusun daerah pengikat ligan yang memediasi interaksi antara reseptor dan lipoprotein yang mengandung Apo B-100 atau Apo E. Penelitian ini bertujuan mengkarakterisasi nukleotida pada daerah ekson 5 dan 6 gen LDLR penduduk Papua dengan  asal yang berbeda. Amplifikasi gen target dilakukan menggunakan metode reaksi berantai polimerase (PCR) lalu disekuensing untuk mengetahui urutan basa nukleotida. Hasil karakterisasi menunjukkan bahwa karakter nukleotida daerah ekson 5 dan 6 gen LDLR dari 9 mahasiswa UNIPA asal Papua adalah identik karena memiliki jumlah nukleotida dan susunan nukleotida yang sama. Jumlah nukleotida untuk daerah ekson 5 sebesar 123 pb, terdiri dari T=22,0%, C=24,4%, G=30,9%, A=22,8%, A+T=44,8% dan C+G=55,3%. Untuk daerah ekson 6 dengan jumlah nukleotida sebesar 123 pb, komposisi nukleotidanya yakni T=16,3%, C=26,8%, G=27,6%, A=29,3%, A+T=45,6% dan C+G=54,4%. Hasil ini menunjukkan bahwa kedua daerah tersebut adalah lestari.