Desain Vaksin Berbasis Epitop dengan Pendekatan Bioinformatika untuk Menekan Glikoprotein Spike SARS-CoV-2

Abstract

Vaksinasi menjadi salah satu kunci pencegahan penyebaran Covid-19. Rekayasa teknologi berbasis pelemahan virus perlu diterapkan dalam pengembangan vaksin. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan rancangan vaksin berbasis epitop yang memiliki resiko reaksi alergi yang lebih rendah, aman, dan murah. Rancangan vaksin diawali dengan pengambilan data sekuens SARS-CoV-2, analisis filogenetika, prediksi antigenisitas protein, dan identifikasi epitop sel T. Selanjutnya dilakukan konservasi epitop dan prediksi imunogenitas, serta analisis penambatan molekuler untuk melihat interaksi antara epitop dengan alel. Tahapan berikutnya dilakukan prediksi epitop sel B, prediksi population coverage, konstruksi dan visualisasi desain vaksin, analisis struktur dan validasi, analisis interaksi antara vaksin dengan TLR 3 dan TLR 4, serta evaluasi imunogenitas desain vaksin. Semua tahap dilakukan menggunakan webserver yang sesuai. Desain vaksin yang dihasilkan memiliki antigenitas 0,5134, tidak toksik, dan tidak bersifat alergen. Parameter fisika kimia memenuhi syarat kecuali BM yang kurang dari 40 KDa. Hasil desain vaksin diprediksi memiliki population coverage 95,14% untuk populasi Indonesia. Hasil prediksi imunogenitas desain vaksin menunjukkan peningkatan IgM dan IgG hingga hari ke-35.