Evaluasi Primer Gen COI sebagai Biomarker Ketertelusuran Ikan menggunakan Bioinformatika

Abstract

Gen cytochrome oxidase I (COI) merupakan bagian dari bahan genetik mitokondria yang sering digunakan sebagai penanda spesies pada system ketertelusuran produk perikanan. Gen COI ini diperbanyak dari jaringan ikan menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) dengan primer universal. Akan tetapi, ikan merupakan spesies yang memiliki keragaman yang tinggi, sehingga primer universal ini tidak sepenuhnya cocok dengan gen COI ikan. Oleh karena itu, penelitian yang bertujuan untuk mengevaluasi kecocokan primer universal di berbagai gen COI ikan perlu untuk dilakukan. Pada penelitian ini, primer universal dicocokkan dengan 33 sekuen spesies ikan dari GenBank NCBI. Sekuen dianalisis dengan membuat Percent Identity Matrix (PIM) dan pohon filogenetik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tidak semua primer memiliki kualitas yang baik. Primer CO1shark25 dan CO1shark315 sejajar dengan 31-32 sekuen, namun belum memenuhi parameter ideal sebuah primer. Oleh karena itu, didesain beberapa primer universal baru yang sesuai dengan kriteria primer ideal. Desain primer baru dibuat dan dievaluasi menggunakan program PerlPrimer dan OligoEvaluator. Primer mini-barcode universal ikan dari sekuen Lagocephalus lagocephalus, Takifugu vermicularis, Arothron hispidus, Hypanus americanus, Isurus oxyrhyncus, dan Katsuwonus pelamis telah dirancang dan dievaluasi untuk alternatif biomarker.