Survey of current terminologies and ontologies in biology and medicine

Abstract

Este documento apresenta o estado da arte das terminologias e ontologias aplicadas à Biologia e à Medicina. Sem a intenção de torná-lo inteiramente abrangente, descrevemos alguns dos recursos mais importantes que atualmente atraem interesse da indústria e da área acadêmica. Apresentamos uma estrutura descritiva, e comparamos os sistemas em termos de seus elementos de arquitetura, expressividade e cobertura, e também analisamos a natureza das entidades que eles denotam. Em especial, examinamos a Classificação Internacional de Doenças - CID, Medical Subject Headings– MeSH (Cabeçalhos Médicos), Gene Ontology– GO (Ontologia Genética), Systematized Nomenclature of Medicine - Clinical Terms - SNOMED CT (Nomenclatura Sistematizada de Medicina – Termos Clínicos), Generalized Architecture for Languages, Encyclopaedias and Nomenclatures - openGALEN, (Arquitetura Generalizada de Linguagens, Enciclopédias e Nomenclaturas), Foundational Model of Anatomy – FMA (Modelo Fundamental de Anatomia), Unified Medical Language System – UMLS (Sistema Unificado de Linguagem Médica) e Open Biomedical Ontologies (OBO) Foundry (Oficina de Ontologias Biomédicas Abertas).