Sequence analysis of the capsid protein gene of an isolate of Apple stem grooving virus, and its survey in Southern Brazil

Abstract

Apple stem grooving virus (ASGV) is one of the most important viruses infecting fruit trees. This study aimed at the molecular characterization of ASGV infecting apple (Malus domestica) plants in Santa Catarina (SC). RNA extracted from plants infected with isolate UV01 was used as a template for RT-PCR using specific primers. An amplified DNA fragment of 755 bp was sequenced. The coat protein gene of ASGV isolate UV01 contains 714 nucleotides, coding for a protein of 237 amino acids with a predicted Mr of approximately 27 kDa. The nucleotide and the deduced amino acid sequences of the coat protein gene showed identities of 90.9% and 97.9%, respectively, with a Japanese isolate of ASGV. Very high amino acid homologies (98.7%) were also found with Citrus tatter leaf capillovirus (CTLV), a very close relative of ASGV. These results indicate low coat protein gene variability among Capillovirus isolates from distinct regions. In a restricted survey, mother stocks in orchards and plants introduced into the country for large scale fruit production were indexed and shown to be infected by ASGV (20%), usually in a complex with other (latent) apple viruses (80%).Apple stem grooving virus (ASGV) é um dos mais importantes vírus que infetam fruteiras de clima temperado. Este estudo teve por objetivo a caracterização molecular baseada na análise do gene da proteína capsidial do isolado ASGV UV01 encontrado em macieiras (Malus domestica) em Santa Catarina (SC). RNA extraído de plantas infetadas foi usado para a amplificação por RT-PCR, empregando-se iniciadores específicos. O fragmento amplificado de 755 bp foi seqüenciado e comparado com outras seqüências. O gene da proteína capsidial do ASGV UV01 possui 714 nucleotídeos, codificando uma proteína com 237 aminoácidos de Mr prevista de 27 kDa. As seqüências de nucleotídeos e de aminoácidos deduzidos apresentaram, respectivamente, 90,9% e 97,9% de identidade com um isolado japonês de ASGV. Homologias de aminoácidos muito altas (98,7%) também foram verificadas com o Citrus tatter leaf virus (CTLV), um vírus taxonomicamente próximo ao ASGV. Os resultados indicam pequena variabilidade entre isolados de Capillovirus de diferentes regiões. Em um levantamento restrito, plantas adultas usadas como matrizes e mudas introduzidas no país para produção de frutos foram indexadas e mostraram-se infetadas com ASGV (20%), geralmente em complexo com outros vírus (latentes) da macieira (80%).