Efisiensi Penggunaan Enzim Taq Polymerase pada Pengujian Polymerase Chain Reaction

Abstract

Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan uji diagnostik yang sangat sensitif. Enzim Taq Polymerase merupakan salah satu komponen paling penting dalam pengujian Polymerase Chain Reaction (PCR). Enzim taq polymerase merupakan komponen yang harganya paling mahal. Penggunaan taq polymerase pada uji PCR kurang efisien. Untuk mengetahui efisiensi penggunaan enzim Taq Polymerase dan pada volume terkecil berapa masih dapat digunakan dalam metode pengujian PCR, maka dilakukanlah penelitian dengan membuat volume PCR lebih kecil (5µl, 10 µl, dan 25 µl) dari standard (50 µl). Tiga isolat swab hidung dan anus anjing terinfeksi Parvovirus diekstraksi menggunakan Kit DNA Purifikasi. Hasil ekstraksi dijadikan DNA Template pada pengujian PCR. Amplifikasi menggunakan mesin PCR Apply Biosistem Thermal Cycler. Visualisasi produk amplifikasi menggunakan elektroforesis gel agarose 1%. Hasil pengujian menunjukan bahwa volume PCR lebih kecil dari standard mampu memvisualisasikan produk PCR dengan baik. Pada PCR volume 5µl, tidak semua sampel teramplifikasi dengan baik. Sampel 1 dan 3 menunjukkan band tebal pada posisi sama dengan kontrol positif. Sedangkan sampel 2 tidak menunjukkan adanya band. Pada volume PCR (10µl, 25 µl dan 50µl) semua sampel teramplifikasi dengan baik. Sampel 1 dan 3 menunjukkan band tebal pada posisi sama dengan kontrol positif. Amplifikasi sampel 1 dan 3, gen memiliki panjang nukleotida 910bp (sesuai oligonukleotida), sedangkan sampel 2 juga menunjukkan adanya band tetapi posisinya lebih rendah dan tipis dari sampel 1, 3 dan kontrol positif. Adanya perbedaan tebal tipisnya band yang teramplifikasi disebabkan oleh perbedaan konsentrasi DNA hasil ekstraksi. Perbedaan tinggi band yang teramplifikasi pada sampel 2, berarti bahwa gen yang teramplifikasi bukan gen spesifik parvo. Simpulan penelitian ini adalah pada volume pengujian PCR dengan volume yang lebih kecil dari standard mampu memvisualisasikan gen DNA virus parvo dengan baik. Untuk mengefisienkan penggunaan enzim taq polymerase pada pengujian PCR, volume PCR 10µl dapat direkomendasikan sebagai protokol pengujian PCR untuk DNA Virus Parvo.