Optimasi Perolehan DNA Mikrobioma yang Diekstraksi dari Mekonium dan Feses Neonatus Prematur untuk diaplikasikan pada Next-Gen Sequencing 16S rRNA

Abstract

Komposisi mikrobioma usus pada neonatus prematur dapat diidentifikasi dari mekonium dan feses dengan teknologi Next-Generation Sequencing (NGS). Akan tetapi, perolehan DNA mikrobioma sampel mekonium dan feses memiliki tantangan karena konsistensi serta kandungan inhibitor PCR yang tinggi pada sampel tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengoptimasi perolehan DNA mikrobioma dari mekonium dan feses neonatus. Proses perolehan DNA dilakukan dengan menerapkan optimasi parameter yaitu pertimbangan tahap pra-ekstraksi yaitu replikasi dan kondisi sampel, penggunaan pilihan kit ekstraksi, dan tahap elusi DNA hasil ekstraksi. DNA genomik yang diperoleh dikuantifikasi serta dikonfirmasi menggunakan Polymerase Chain Reaction. Hasil optimasi terbaik berdasarkan pengamatan visual kualitas DNA dengan agaros gel dan transiluminator UV, maupun secara kuantitas yang diukur dengan spektrofotometer nano adalah dengan replikasi jumlah sampel sebanyak 2 kali lipat, menggunakan sampel mekonium dan feses yang segar, dan terlebih dahulu disuspensikan menggunakan ddH2O untuk tahap-tahap pra-ekstraksi. Kit terbaik untuk ekstraksi DNA adalah MP Biomedical Fast DNA Spin Kit for Soil, serta penggunaan dapar elusi dengan volume yang lebih sedikit untuk menghasilkan konsentrasi serta kemurnian DNA yang lebih tinggi. Dapat disimpulkan bahwa perolehan DNA yang andal terutama dari sampel meconium berhasil teroptimasi untuk memenuhi kualitas dan kuantitas DNA untuk tahap selanjutnya dengan teknologi sekuensing mikrobioma.