Studi In Silico Senyawa Flavonoid dalam Mengambat RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) sebagai Antivirus COVID-19

Abstract

Pada akhir tahun 2019, muncul coronavirus disease 2019 (COVID-19) yang disebabkan oleh severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), yang menjadi ancaman serius bagi kesehatan masyarakat global sampai saat ini. Seiring berjalannya waktu, pengembangan drug repurposing telah menjadi metode yang efektif dalam penemuan obat baru. Flavonoid merupakan golongan senyawa yang telah dikenal memiliki aktivitas antivirus. Oleh karena itu, tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi lima senyawa flavonoid (Genistein, Daidzein, Glycitein, Formonoetin, dan Biochanin A) yang sudah dikenal memiliki berbagai manfaat farmakologi dalam menghambat aktivitas RdRp SARS-CoV-2. Untuk melakukan analisis, metode molecular docking digunakan dengan menggunakan software AutoDockTools 1.5.6. Prediksi sifat farmakokinetik dan farmakodinamik dilakukan dengan menggunakan SwissADME, sedangkan untuk mengevaluasi toksisitas, digunakan ProTox II. Hasil molecular docking menunjukkan bahwa kelima senyawa flavonoid memiliki hasil yang lebih baik dibandingkan dengan senyawa kontrol positif remdesivir. Selain itu, hasil prediksi sifat farmakokinetik, farmakodinamik, dan toksisitas menunjukkan bahwa Biochanin A, Glycitein, Genistein, dan Formonoetin memiliki potensi terbaik untuk dikembangkan sebagai obat antivirus COVID-19 dengan kemampuan mengikat reseptor RdRp dengan PDB id. 6M71. Kata Kunci: 6M71, Antivirus, Drug repurposing, RdRp, Senyawa flavonoid ABSTRACT At the end of 2019, the coronavirus disease 2019 (COVID-19) caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) emerged as a serious threat to global public health up until now. Over time, the development of drug repurposing has become an effective method of discovering new drugs. Flavonoids are a class of compounds that are known to have antiviral activity. Therefore, the aim of this study was to identify five flavonoid compounds (Genistein, Daidzein, Glycitein, Formonoetin, and Biochanin A) that are already known to have various pharmacological benefits in inhibiting the RdRp activity of SARS-CoV-2. Molecular docking method using AutoDockTools 1.5.6 software was employed for analysis. Prediction of pharmacokinetic and pharmacodynamic properties was done using SwissADME, while ProTox II was used to evaluate toxicity. The results of molecular docking showed that all five flavonoid compounds had better results compared to the positive control compound remdesivir. Furthermore, the prediction results of pharmacokinetic, pharmacodynamic, and toxicity properties indicated that Biochanin A, Glycitein, Genistein, and Formonoetin had the best potential to be developed as antiviral drugs against COVID-19 with the ability to bind to the RdRp receptor with PDB id 6M71.