Optimasi Primer yang Menargetkan Gen OsAP2, OsERF3 dan OsEREBP2 Menggunakan qPCR

Abstract

qPCR merupakan metode yang akurat untuk mendeteksi ekspresi gen. Analisis ekspresi gen pengkode faktor transkripsi pada padi saat ini banyak dilakukan. OsAP2, OsERF3 dan OsEREBP2 merupakan faktor transkripsi pada padi yang termasuk kedalam kelompok AP2/ERF yang berperan penting dalam proses biologis pada tanaman. Penelitian mengenai analisis ekspresi gen OsAP2, OsERF3 dan OsEREBP2 pada Cempo Ireng belum pernah dilakukan. Dalam melakukan analisis ekspresi gen menggunakan RT-PCR dibutuhkan primer spesfiik sesuai dengan gen yang diinginkan. Primer merupakan salah satu komponen penting dalam melakukan metode PCR. Gagalnya penempelan primer pada tahapan annealing menyebabkan kegagalan amplifikasi. Optimasi primer perlu untuk dilakukan untuk mendapatkan suhu annealing yang optimal. Pada penelitian ini akan dilakukan optimasi suhu anealing pada 3 gen pengkode faktor transkripsi pada padi yakni OsAP2, OsERF3 dan OsEREBP2. Optimasi dilakukan dengan menggunakan cDNA sebagai template. Konfirmasi hasil qPCR dilakukan dengan menggunakan elektroforesis. Hasil optimasi menunjukkan bahwa suhu annealing optimal pada primer OsAP2, OsERF3 dan OsEREBP2 berada pada kisaran 53,9 – 60 °C.