Optimasi Suhu Annealing untuk Amplifikasi Dna Padi Hasil Persilangan Varietas Tahan Terendam dengan Metode Polymerase Chain Reaction

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengoptimasi suhu annealing untuk amplifikasi dna padi hasil persilangan varietas tahan terendam dengan metode polymerase chain reaction. Penelitian dilaksanakan pada bulan Februari-Mei 2021 di Laboratorium Fisiologi Tumbuhan Program Studi Agronomi, Fakultas Pertanian, Universitas Sriwijaya Indralaya. Data yang diperoleh dalam penelitian ini adalah data deskriptif dengan cara mengidentifikasi ada atau tidak adanya band yang teramplifikasi dari hasil elektroforesis. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa semua primer dapat mengamplifikasi semua pita DNA dengan kualitas baik. Ada pengaruh suhu annealing pada program PCR terhadap keberhasilan amplifikasi DNA padi. Suhu annealing yang optimal untuk 15 primer SSR pada amplifikasi DNA padi yaitu Rm 8300 : 55 °C, Rm Sub1c173 : 55 °C, Rm 234 : 54.8 °C, Rm 3459 : 56,8°C, Rm 219: 59,5 °C, Rm 589 : 54,8 °C, Rm 258 : 56,8 °C, Rm 3701 : 55,2°C, Rm 1261: 55,2 °C, Rm 164 : 55,2 °C, Rm 443: 54,4 °C, Rm 266 : 57,8 °C, Rm 248 : 53,5 °C, Rm 282 : 55,7 °C, Rm 241:°C: 53,9 °C.