Pengembangan Metode In-House HLA-Typing Gen HLA Kelas I (HLA A, HLA B, dan HLA C) Menggunakan Next Generation Sequencing Illumina MiSeq

Abstract

Human leucocyte antigen (HLA) adalah protein penyaji antigen yang lokus genetiknya berada di kromosom 6p21 dengan ukuran sebesar 3,8 Mb dan berasosiasi dengan lebih dari 100 penyakit berbeda yang kebanyakan merupakan penyakit autoimun. Proses HLA-typing menggunakan sekuensing Sanger masih memberikan ambiguitas terhadap determinasi alel, low-throughput, dan membutuhkan biaya besar untuk sampel dalam jumlah besar. Next generation sequencing (NGS) menjadi metode yang dapat mengatasi kelemahan sekuensing Sanger. MiSeq dari Illumina merupakan salah satu NGS yang digunakan untuk HLA-typing. MiSeq memberikan kemudahan preparasi dan fleksibilitas metode yang dapat dikembangkan sesuai dengan kebutuhan laboratorium penelitian. Penelitian dilakukan di Laboratorium Molekular Genetik, Laboratorium Terpadu Universitas YARSI pada empat orang mahasiswa Fakultas Kedokteran Universitas YARSI etnik Melayu selama periode Mei–Desember 2014. Hasil menunjukkan terdapat total 546 SNP heterozygous, 888 SNP homozygous, 25 insersi, dan 23 delesi dari keseluruhan 11 sampel amplikon dengan coverage 2.106,536x dengan 2x25 siklus pembacaan. Optimasi metode HLA-typing dapat dikatakan berhasil dengan mengombinasikan long-range PCR dan pemilihan ukuran library 300–600 bp. [MKB. 2015;47(3):152–59] Kata kunci: HLA Kelas I, MiSeq, next generation sequencing