Desain Primer dan Deteksi Gen CHS (Chalcone Synthase) pada Tanaman Gambir (Uncaria gambir (Hunter) Roxb.) Tipe Riau Mancik

Abstract

Gambir merupakan salah satu tanaman yang menghasilkan katekin. Kandungan katekin merupakan parameter dalam menentukan mutu gambir. Salah satu gen yang terlibat dalam pembentukkan katekin adalah gen CHS (Chalcone synthase). Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkanprimer yang dapat digunakan untuk mendeteksi gen CHS (Chalcone synthase) pada tanaman gambir tipe Riau Mancik serta untuk melihat binding site dengan hasil isolasi DNA tanaman gambir terhadap primer yang telah didesain. Pendesainan primer dilakukan dengan mengalignment 21 data tanaman yang mengandung sekuen gen CHS yang terdapat di NCBI. Hasil desain primer didapatkan 8 pasang primer degeneratif dengan 4 primer forward dan 2 primer reverse. Primer yang memiliki binding site dengan hasil isolasi DNA yaitu pasangan primer A1F dengan C1R menghasilkan produk dengan estimasi 724 bp.