Estrategias bioinformáticas y moleculares para aislar genes con potencial biotecnológico a partir de especies huérfanas de la ciencia

Abstract

La amazonía peruana es megabiodiversa y posee millones de genes con potencial biotecnológico que debemos descubrir. Para identificarlos, aislarlos y poder aprovecharlos tenemos que secuenciar los genomas y transcriptomas de las especies más importantes. Sin embargo, hasta concretar este tipo de proyectos, combinando estrategias bioinformáticas y moleculares podemos aislar genes con potencial biotecnológico. El objetivo fue aislar genes involucrados en la biosíntesis de vitamina C en Myrciaria dubia. De acuerdo a las relaciones filogenéticas de M. dubia con otras especies, se buscaron secuencias homólogas en el banco de genes del gen que codifica L-galactono-1,4-lactona deshidrogenasa ( L-GalLDH). En base al alineamiento múltiple obtenido, se construyó un filograma consenso y de los clados formados se diseñaron cebadores degenerados. Los frutos fueron obtenidos de una colección de germoplasma y el ARN total se purificó, el ADNc se sintetizó y amplificó con cebadores degenerados. El amplicón sintetizado se clonó y secuenció con técnicas estándares. Con las aproximaciones empleadas se logró aislar, clonar y secuenciar un segmento de 921 pb del gen L-GalLDH de M. dubia. En conclusión, con las estrategias bioinformáticas y moleculares descritas se aisló el segmento de un gen que codifica la enzima L-galactono-1,4-lactona deshidrogenasa de la vía biosintética de vitamina C en M. dubia, especie de la que no se disponía de secuencias génicas. Con estas mismas aproximaciones será posible aislar genes de interés biotecnológico de esta y otras especies amazónicas que aún no cuentan con bases de datos de secuencias nucleotídicas.