Evaluasi Tiga Metode Preparasi RNA Total untuk Deteksi Turnip mosaic potyvirus dari Benih Brassica rappa dengan Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction

Abstract

Turnip mosaic virus (TuMV) merupakan virus tular benih yang penting pada Brassicae di Indonesia. Metode deteksi yang akurat dan terpercaya diperlukan untuk mendeteksi virus tersebut dari benih sehingga kejadian penyakit dapat dihindari sedini mungkin. Penelitian dilakukan untuk mengevaluasi metode ekstraksi RNA total tanaman untuk mendeteksi TuMV menggunakan teknik reverse transcription- polymerase chain reaction. Tiga metode ekstraksi RNA total yang dievaluasi terdiri atas metode ekstraksi Wylie, Randles, dan kit komersial. Bahan tanaman yang digunakan ialah benih dan kecambah caisin (Brassica rappa) yang berumur 3, 5, dan 7 hari. RNA total yang diperoleh dari ekstraksi menggunakan metode Wylie dan Randles memiliki konsentrasi yang tinggi dengan kemurnian yang rendah, sedangkan RNA total hasil ekstraksi menggunakan kit komersial memiliki konsentrasi rendah dan kemurnian tinggi. TuMV dari benih berhasil terdeteksi menggunakan metode ekstraksi Wylie dan Randles, TuMV dari kecambah berumur 3 hari berhasil terdeteksi menggunakan ketiga metode, TuMV dari kecambah berumur 5 hari hanya terdeteksi menggunakan metode Randles, dan TuMV dari kecambah berumur 7 hari tidak dapat terdeteksi menggunakan ketiga metode. Ekstraksi RNA total menggunakan metode Wylie dan Randles dapat direkomendasikan untuk mendeteksi TuMV dari benih caisin dengan teknik RT-PCR.