Smqnr VARIANTS IN CLINICAL ISOLATES OF Stenotrophomonas maltophilia IN BRAZIL

Abstract

SUMMARY Stenotrophomonas maltophilia contains a novel chromosomally-encoded qnr gene named Smqnr that contributes to low intrinsic resistance to quinolone. We described Smqnr in 13 clinical isolates of S. maltophilia from two Brazilian hospitals, over a 2-year period. The strains were identified by API 20 NE (bioMérieux, France). Susceptibility by microdilution method to trimetroprim/sulfamethoxazole, ciprofloxacin, levofloxacin, minocycline, ceftazidime, chloramphenicol and ticarcillin/clavulanate was performed according to CLSI. PCR detection of Smqnr gene was carried out. The sequence of Smqnr was compared with those deposited in GenBank. Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of all strains was performed. Thirteen Smqnr positives isolates were sequenced and three novel variants of Smqnr were identified. All 13 Smqnr isolates had distinguishable patterns by PFGE. This is the first report of Smqnr in S. maltophilia isolated in Brazil.RESUMO S. maltophilia contem um novo gene qnr cromossômico denominado Smqnr que contribui para baixa resistência intrínseca a quinolonas. Descrevemos Smqnr em 13 isolados clínicos de S. maltophilia de dois hospitais brasileiros, ao longo do período de dois anos. Os isolados foram identificados pela API 20 NE (bioMérieux, França). Susceptibilidade pelo método de microdiluição dos seguintes antibióticos trimetroprim/sulfametoxazol, ciprofloxacina, levofloxacina, minociclina, ceftazidima, cloranfenicol e ticarcilina/clavulanato foi realizada segundo o CLSI. Detecção do gene de Smqnr foi realizada por PCR. A sequência de Smqnr foi comparada com aquelas depositadas no GenBank. Foi realizada eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) de todos os isolados. Treze isolados contendo Smqnr foram sequenciados e identificados três variantes do gene Smqnr. Todos os 13 isolados de Smqnr apresentaram diferentes padrões por PFGE. Este é o primeiro relato de Smqnr em isolados de S. maltophilia no Brasil.