Primeras seis secuencias del genoma completo de SARS-CoV-2 por NGS en El Salvador

Abstract

Introducción. En este trabajo se describen las primeras secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 detectados a partir de muestras de pacientes salvadoreños. Objetivo. Reportar las primeras seis secuencias completas del genoma del SARS-CoV-2 de seis casos autóctonos de COVID-19 detectados en El Salvador, a partir de muestras de secreción nasofaríngea. Metodología. Se realizó una secuenciación de próxima generación NGS a partir de muestras autóctonas en la plataforma Illumina. Resultados. El análisis filogenético mostró que estos aislados pertenecen al clado 20C clado secundario de 20A que tiene en común la variante S:D614G, la mutación D614G de la glicoproteína espícula fue demostrada en las seis secuencias del genoma de SARS-CoV-2. En la plataforma GISAID las secuencias mostraron pertenecer al clado GH linaje pangolín B.1.2 y B.1.370, ambos linajes están presentes en Estados Unidos. Conclusión. Este es el primer reporte de secuencias completas del genoma de SARS-CoV-2 en El Salvador e identifica una variante predominante en Centro y Norte América.