Desain Primer Dan Deteksi Gen CHS (chalcone synthase) Pada Tanaman Gambir (Uncaria gambir (Hunter) Roxb.) Tipe Riau Gadang

Abstract

Gambir merupakan salah satu tanaman yang mengandung katekin.Kandungan katekin pada gambir merupakan komponen yang menjadi syarat utama dalam penentuan mutu gambir. CHS (Chalcone synthase) adalah salah satu gen yang terlibat di dalam proses biosintesis pembentukan katekin. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan primer yang dapat digunakan dalam deteksi gen CHS (Chalcone synthase) pada tanaman gambir tipe riau gadang serta untuk melihat kemampuan primer yang telah didesain untuk mendeteksi gen CHS pada tanaman gambir. Pendesainan primer dilakukan dengan mengalignment 21 data sekuengen CHS dan dipilih daerah yang memiliki kesamaan basa antara sekuen gen yang dialignment untuk mendapatkan primer.  Isolasi DNA gen CHS tanaman gambir menggunakan metode CTAB dan untuk isolasi RNA menggunakan Total RNA Mini Kit (Plant) dari Geneaid. Sintesis cDNA menggunakan kit Rever Tra Ace® qPCR RT Master Mix with gDNA Remover (Toyobo).Pada hasil desain primer didapatkan empat primer forward dan satu primer reverse. Hasil desain primer yang dapat digunakan untuk deteksi gen CHS dengan hasil cDNA tanaman gambir yaitu primer F3-R1(TNGTCTTCTGCACNACCTCCGGNG - CCANTC CAASCCYTCWCCDGTSGT). Proses deteksi gen CHS pada daun gambir menghasilkan produk dengan estimasi sebesar 724 bp